From t-nakazato ＠ muj.biglobe.ne.jp Sun Feb 19 02:03:13 2006 From: t-nakazato ＠ muj.biglobe.ne.jp (t-nakazato ＠ muj.biglobe.ne.jp) Date: Sun, 19 Feb 2006 02:03:13 +0900 (JST) Subject: [Bugja-users 1] bugja-users ML Message-ID: <20060219020313.CTKHC0A82744.C70F0C8A@wpop.biglobe.ne.jp> なかざと@BUGJA 発起人です。 2006年の正月休みに電撃的に立ち上げた、bioperl の日本でのユーザー会 BUGJA (Bioperl Users Group in Japan：バグジャー) ですが、ディスカッション する場として、ML を立ち上げました。 bugja-users ＠ lists.sourceforge.jp が、アドレスとなります。 ・使おうとしたがうまくいかない。 ・こんなことやってみた ・こういうことをしたいのだが というようなことをMLで流していただいて、bioperl を使って、楽できるところは どんどん楽していきましょう。 NAKAZATO Takeru From ma.kohda ＠ gmail.com Sat Feb 25 15:56:16 2006 From: ma.kohda ＠ gmail.com (mako) Date: Sat, 25 Feb 2006 15:56:16 +0900 Subject: [Bugja-users 2] =?iso-2022-jp?b?GyRCRn4ycSROMCc7IiEnJGgkbSQ3GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJC8kKjRqJCQkNyReJDkhIxsoQg==?= Message-ID: <530dbf580602242256l4fcda121y5de28592eb411e70@mail.gmail.com> 千葉にある放医研の神田（こうだ）です。 Perl歴は1年半くらいでしょうか。 普段bioperlを使ってはいないのですが、ensemblと一緒に使えそうなので興味があります。 それではよろしくお願いします :D -- 神田　将和（こうだ　まさかず） From h-kondo ＠ s.kaiyodai.ac.jp Tue Feb 28 22:21:04 2006 From: h-kondo ＠ s.kaiyodai.ac.jp (Hidehiro Kondo) Date: Tue, 28 Feb 2006 22:21:04 +0900 Subject: [Bugja-users 3] =?iso-2022-jp?b?Q1BBThskQkV5GyhC?= Message-ID: <15E2E634-4A95-4BF2-BC4A-5FD049A7AC9B@s.kaiyodai.ac.jp> 東京海洋大学の近藤と申します。 Bioperlだけでなくperl全般についての質問があります。 大学内から外部に接続する必要がある場合に、 うまく外に接続することができません。 例えば、 Bundle::BioPerlをインストールするとき、 perl -MCPAN -e 'install Bundle::BioPerl' としても、うまくいきません。 結局、手動でいくつかは入れましたが非常に不便です。 当然、リモートでデータを取ってくることもままなりません。 大学サーバーのproxyのせいだと思うのですが、 この辺をうまくつなげる方法はないのでしょうか？ よい方法があれば、お教えください。 当方の環境は Mac OS10.4.5 + perl v5.8.6 ちなみにcheckBundleBioPerl.plを使わせてもらうと以下のよう に出てきます。 [Bundle::LWP] 1.11 [File::Temp] 0.14 [File::Spec] 3.01 [IO::Scalar] 1.1.1.1 [IO::String] 1.06 [HTML::Entities] 1.27 [HTML::Parser] 3.36 [HTTP::Request] 1.40 [HTTP::Status] 1.28 [LWP::UserAgent] 2.033 [URI::Escape] 3.28 [XML::Parser] 2.34 [XML::Parser::PerlSAX] Not Installed [XML::Writer] Not Installed [XML::Node] Not Installed [XML::Twig] Not Installed [Text::Iconv] Not Installed [Scalar::Util] 1.14 [XML::DOM] Not Installed [SOAP::Lite] Not Installed [GD] Not Installed [GD::SVG] Not Installed [SVG] Not Installed [SVG::Graph] Not Installed [Storable] 2.13 [Text::Shellwords] Not Installed [Data::Stag] Not Installed [Graph::Directed] Not Installed [Bio::Perl] 1.5