From minamijima ＠ mahorex.com  Thu Mar 18 16:12:41 2004
From: minamijima ＠ mahorex.com (Kouichi Minamijima)
Date: Thu, 18 Mar 2004 16:12:41 +0900
Subject: [Knob-dev 5] =?iso-2022-jp?b?GyRCP0pEPSRIGyhCc3RhZGVuIHBhY2thZ2U=?=
References: <20040218095324.F1E9.ITOSHI.NIKAIDO@nifty.com>
	<404E6C8D.DB2DF90A@mahorex.com>
	<20040310102225.5234eb9f.itoshi.nikaido@nifty.com>
Message-ID: <40594BE9.8B48DF1E@mahorex.com>

マホレックスの南島です。

KNOB1.1.1ですが、
一度一通り作成してみました。
今プレビュー版としてアップしています。
http://ftp.mahorex.com/knob/1.1/
アップが終わるのはだいたい18:00ぐらいでしょうか。

NCBI BLAST2.2.8、Clone.pmに関しては問題ないと思います。
ただ、staden packageに関してなのですが、
staden packageはけっこう特殊ですよね。
それでいくつか方針を決めておく必要がありそうです。

問題点
・READMEとみると、バイナリやライブラリーなどを
　/usr/local/stadenなどに置いて環境変数（STADENROOT）
　を設定するとなっているが、データの保存も同じディレクトリになるため、
　一般ユーザーに対して書き込み権限が必要になる。

・linuxバイナリ版があったので、それをインストールしてみたが、
　一部のプログラム(確認したのはcreate_emboss_files)ではエラーが出る。
　一度ソースからのコンパイルも試みてみたが、うまくいかなかった。
　# 他のプログラムの全部調べるべきなんでしょうか・・

現状
・/usr/local/staden ディレクトリはEMBOSSの時のように、
　/ramdisk/usr/local/stadenへのシンボリックリンクとし、
　/ramdisk/usr/local/stadenはknoppixユーザーの所有にした。
　・・でも/home/knoppix/stadenの方が普通でしょうか??

・create_emboss_filesに関してはまだあまり把握できていない。
　gap4に関してはデモ用のデータがあり、
　それを読み込んで実行してみましたが特に問題なさそうです。

まだstaden packageに関してあまり知識がなく、
手を尽くしたわけではないのですが、
データ置き場や、テストの方針がある程度決まっていた方がやりやすいです。

あと、create_emboss_filesのエラー部分です。

--
.
.
processing union.acd
processing twofeat.acd
invalid command name "Unknown"
    while executing
"Unknown section type 'rame'"
    ("eval" body line 3)
    invoked from within
"eval $menu_line"
    (procedure "process_files" line 23)
    invoked from within
"process_files $acd_dir $acdtcl_dir"
    (file
"/usr/local/staden/linux-bin/../lib/spin2_emboss/create_emboss_files.tcl"
line 110)
--

ちなみにstaden packageのバージョンは1.4で、
staden-linux-1-4.tar.gzというファイルを使用しました。

# というか・・実はまだcreate_emboss_filesが何をするプログラムなのか把握
してないです。。