From itoshi.nikaido ＠ nifty.com  Sat Mar 20 03:22:45 2004
From: itoshi.nikaido ＠ nifty.com (Itoshi NIKAIDO)
Date: Sat, 20 Mar 2004 03:22:45 +0900
Subject: [Knob-dev 6] =?iso-2022-jp?b?GyRCP0pEPSRIGyhCc3RhZGVuIHBhY2thZ2U=?=
Message-ID: <6B0A0DB2-79D2-11D8-94D9-000393B3A9E8@nifty.com>

にかいどうです。

リアクションが遅くてすみません。

Clone.pm, BLAST の件は了解しました。ありがとうございました。

Standen package はちょっと hack してみないとわからないですね。
まず、Knoppix から離れて standen をいじってみます。
今回のリリースは少し時間をかけてたいと思います。

まず、毎回のテストをスプリクト化するなど、システマティックな方法を
考えたいと思います。

また、置き場所のポリシーも議論しましょう。
/ramdisk or /home/knoppix かは、どうしますかね。
EMBOSS との統一性をみれば、/ramdisk でしょうか。Knoppix では、
/home/knoppix に置くという作法があるのであれば、それでも構いません。
ほかの Knoppix base のものはどうしているかも調べたほうが良いかも
しれません。

このまえ、片山さん@BioRuby が会いにきてくれたのですが、BioRuby の 1.8.1
への対応状況を聞いておきました。PubMed 関係の library に少し修正が必要と
のことで、CVS には修正版があるそうです。KNOB のリリースにあわせて、それ
らをパッケージングしなおして、1.5.4 を出せるかも、ということでしたが、少
し時間がかかりそうです。

あと、坊農さんがバイオベンチャーで連載中のバイオインフォマティクスの記事
で KNOB をしてくれるそうです。

On Thu, 18 Mar 2004 16:12:41 +0900
Kouichi Minamijima <minamijima ＠ mahorex.com> wrote:

> 現状
> ・/usr/local/staden ディレクトリはEMBOSSの時のように、
> 　/ramdisk/usr/local/stadenへのシンボリックリンクとし、
> 　/ramdisk/usr/local/stadenはknoppixユーザーの所有にした。
> 　・・でも/home/knoppix/stadenの方が普通でしょうか??
>
> ・create_emboss_filesに関してはまだあまり把握できていない。
> 　gap4に関してはデモ用のデータがあり、
> 　それを読み込んで実行してみましたが特に問題なさそうです。
>
> まだstaden packageに関してあまり知識がなく、
> 手を尽くしたわけではないのですが、
> データ置き場や、テストの方針がある程度決まっていた方がやりやすいです。
>
> あと、create_emboss_filesのエラー部分です。
>
> --
> .
> .
> processing union.acd
> processing twofeat.acd
> invalid command name "Unknown"
>     while executing
> "Unknown section type 'rame'"
>     ("eval" body line 3)
>     invoked from within
> "eval $menu_line"
>     (procedure "process_files" line 23)
>     invoked from within
> "process_files $acd_dir $acdtcl_dir"
>     (file
> "/usr/local/staden/linux-bin/../lib/spin2_emboss/create_emboss_files.
> tcl" line 110)
> --
>
> ちなみにstaden packageのバージョンは1.4で、
> staden-linux-1-4.tar.gzというファイルを使用しました。
>
> # というか・・実はまだcreate_emboss_filesが何をするプログラムなのか把
> # 握
> してないです。。
> _______________________________________________
> Knob-dev mailing list
> Knob-dev ＠ lists.sourceforge.jp
> http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/knob-dev

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