From itoshi.nikaido ＠ nifty.com  Mon May 24 12:50:22 2004
From: itoshi.nikaido ＠ nifty.com (Itoshi NIKAIDO)
Date: Mon, 24 May 2004 12:50:22 +0900
Subject: [Knob-dev 11] =?iso-2022-jp?b?RU1CT1NTIBskQiQrJGkbKEIgTkNCSQ==?=
 =?iso-2022-jp?b?GyRCJFglIiUvJTslOSQ5JGsbKEI=?=
Message-ID: <7B469154-AD35-11D8-AE7A-000393B3A9E8@nifty.com>

にかいどうです。

EMBOSS のプログラムから NCBI にアクセスできるようにしてみました。
KNOB の emboss.defalut へ以下の記述を追加してください。

以下の設定を使えば、Refseq と Accession Number を区別することなく
配列を取得できます。

DB GENBANKN [
   type: N
   format: genbank
   method: url
   url:  
"http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi? 
db=nucleotide&r
ettype=gb&retmode=text&id=%s"
   dbalias: GENBANKN
   comment: "NCBI IDs"
]

--
Itoshi NIKAIDO, Ph.D.
<itoshi dot nikaido at nifty dot com> / http://itoshi.tv/
ruby -rbio -e \
'n=Bio::Sequence::NA.new("ATTACTCAAAGCCATATTTAAAATATTAAAGCTATTGATCAA");\
puts n.translate.tr!("Q*", "O ")'