From minamijima ＠ mahorex.com Fri May 28 11:16:15 2004 From: minamijima ＠ mahorex.com (Kouichi Minamijima) Date: Fri, 28 May 2004 11:16:15 +0900 Subject: [Knob-dev 12] =?iso-2022-jp?b?a25vYjEuMhskQiVXJWwlUyVlITwbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSEcbKEI=?= References: <7B469154-AD35-11D8-AE7A-000393B3A9E8@nifty.com> Message-ID: <40B6A0EF.B4A2895@mahorex.com> マホレックスの南島です。 http://ftp.mahorex.com/knob/1.2/ に1.2のプレビュー版をアップしました。 まだ細かい点は見てませんが、 基本的な動作は問題なさそうです。 宜しければ、一度確認をお願いします。 ただ、今回は大きめの変更点が一つあります。 　・Mozilla(browserやmailerなど)を削除し、 　　代わりにMozilla-firefoxをインストール どうしてこうしたかというと、 　・容量削減の際に苦戦→Mozilla関連を消すと容量がかなり減る 　・Mailerを使うとしてもsylpheedがあれば良さげ 　・Mozillaよりfirefoxの方が洗練されてる気がするし、Mozilla使ってた人で も抵抗はなさそう と思ったからです。 それと、http://ftp.mahorex.com/knob/1.2/doc/package.txt を確認して頂けれ ばわかると思いますが、 今回はかなり多くのパッケージを削除しています。 firefoxの件もそうですが、「これは消さない方が良い」「これは入れてほし い」「これは消しても良くない？」 みたいなのがあれば、アドバイス頂ければと思います。 #ちなみに容量が肥大している原因の一番大きなのはRライブラリのbioconductor ですね。 #これだけで300MB超(圧縮前ですが)ありました。。 あと、以下のemboss.defaultの件も反映してあります。 Itoshi NIKAIDO wrote: > > にかいどうです。 > > EMBOSS のプログラムから NCBI にアクセスできるようにしてみました。 > KNOB の emboss.defalut へ以下の記述を追加してください。 > > 以下の設定を使えば、Refseq と Accession Number を区別することなく > 配列を取得できます。 > > DB GENBANKN [ > type: N > format: genbank > method: url > url: > "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi? > db=nucleotide&r > ettype=gb&retmode=text&id=%s" > dbalias: GENBANKN > comment: "NCBI IDs" > ] > > -- > Itoshi NIKAIDO, Ph.D. > / http://itoshi.tv/ > ruby -rbio -e \ > 'n=Bio::Sequence::NA.new("ATTACTCAAAGCCATATTTAAAATATTAAAGCTATTGATCAA");\ > puts n.translate.tr!("Q*", "O ")' > > _______________________________________________ > Knob-dev mailing list > Knob-dev ＠ lists.sourceforge.jp > http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/knob-dev From itoshi.nikaido ＠ nifty.com Fri May 28 11:48:48 2004 From: itoshi.nikaido ＠ nifty.com (Itoshi NIKAIDO) Date: Fri, 28 May 2004 11:48:48 +0900 Subject: [Knob-dev 13] =?iso-2022-jp?b?UmU6IGtub2IxLjIbJEIlVyVsJVMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJWUhPEhHGyhC?= In-Reply-To: <40B6A0EF.B4A2895@mahorex.com> References: <7B469154-AD35-11D8-AE7A-000393B3A9E8@nifty.com> <40B6A0EF.B4A2895@mahorex.com> Message-ID: <8B4EDA1C-B051-11D8-85E9-000393B3A9E8@nifty.com> にかいどうです。 おつかれです。 ダウンロード中です。 以下のリストも確認しました。良いと思います。FireFox の件は 了解しました。同じ意見です、FireFox で行きましょう。 あと、ダウンロードしたらこちらでも確かめますが、Perl の XML, SOAP 系の モジュールは入ってますか? # そういえば、NTFSへの書き込みはできましたか? On 2004/05/28, at 11:16, Kouichi Minamijima wrote: > > それと、http://ftp.mahorex.com/knob/1.2/doc/package.txt を確認して頂けれ > ばわかると思いますが、 > 今回はかなり多くのパッケージを削除しています。 > firefoxの件もそうですが、「これは消さない方が良い」「これは入れてほし > い」「これは消しても良くない？」 > みたいなのがあれば、アドバイス頂ければと思います。 > -- Itoshi NIKAIDO, Ph.D. / http://itoshi.tv/ ruby -rbio -e \ 'n=Bio::Sequence::NA.new("ATTACTCAAAGCCATATTTAAAATATTAAAGCTATTGATCAA");\ puts n.translate.tr!("Q*", "O ")' From minamijima ＠ mahorex.com Fri May 28 13:25:01 2004 From: minamijima ＠ mahorex.com (Kouichi Minamijima) Date: Fri, 28 May 2004 13:25:01 +0900 Subject: [Knob-dev 14] =?iso-2022-jp?b?UmU6IGtub2IxLjIbJEIlVyVsJVMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJWUhPEhHGyhC?= References: <7B469154-AD35-11D8-AE7A-000393B3A9E8@nifty.com> <40B6A0EF.B4A2895@mahorex.com> <8B4EDA1C-B051-11D8-85E9-000393B3A9E8@nifty.com> Message-ID: <40B6BF1D.6FB0046E@mahorex.com> マホレックスの南島です。 dpkg -l で吐き出したテキストをアップしてみました。 http://ftp.mahorex.com/knob/1.2/doc/dpkg-l.txt Perlモジュールに関しては、apt-getで入るものはなるべくapt-getで入れまし た。 xml関連のモジュールも apt-get libxml-*-perl でまとめて入れてあります。 libsoap-lite-perlもインストールされています。 おそらく、apt-get install med-bio の際に一緒に入ったんだったと思います。 で、NTFSへの書き込みですが、なんか微妙ですねー。 captive-ntfsの使い方をよくわかってないのかもしれませんが、 captive-ntfsを起動してディスクをスキャンすると、うちのマシンだと途中でコ ケちゃいますね。 でもその画面はスキップして、マイクロソフトのサイトから必要なファイルをダ ウンロードさせると うまく行きました。 で、読み書きはできました。 # ・・でもやっぱ怖いですね。あんま多用したくない。。 Itoshi NIKAIDO wrote: > > にかいどうです。 > > おつかれです。 > ダウンロード中です。 > > 以下のリストも確認しました。良いと思います。FireFox の件は > 了解しました。同じ意見です、FireFox で行きましょう。 > > あと、ダウンロードしたらこちらでも確かめますが、Perl の XML, SOAP 系の > モジュールは入ってますか? > > # そういえば、NTFSへの書き込みはできましたか? > > On 2004/05/28, at 11:16, Kouichi Minamijima wrote: > > > > それと、http://ftp.mahorex.com/knob/1.2/doc/package.txt を確認して頂けれ > > ばわかると思いますが、 > > 今回はかなり多くのパッケージを削除しています。 > > firefoxの件もそうですが、「これは消さない方が良い」「これは入れてほし > > い」「これは消しても良くない？」 > > みたいなのがあれば、アドバイス頂ければと思います。 > > > > -- > Itoshi NIKAIDO, Ph.D. > / http://itoshi.tv/ > ruby -rbio -e \ > 'n=Bio::Sequence::NA.new("ATTACTCAAAGCCATATTTAAAATATTAAAGCTATTGATCAA");\ > puts n.translate.tr!("Q*", "O ")' > > _______________________________________________ > Knob-dev mailing list > Knob-dev ＠ lists.sourceforge.jp > http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/knob-dev From minamijima ＠ mahorex.com Fri May 28 13:31:11 2004 From: minamijima ＠ mahorex.com (Koichi Minamijima) Date: Fri, 28 May 2004 13:31:11 +0900 Subject: [Knob-dev 15] =?iso-2022-jp?b?UmU6IGtub2IxLjIbJEIlVyVsJVMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJWUhPEhHGyhC?= In-Reply-To: <40B6BF1D.6FB0046E@mahorex.com> References: <8B4EDA1C-B051-11D8-85E9-000393B3A9E8@nifty.com> <40B6BF1D.6FB0046E@mahorex.com> Message-ID: <20040528133111.6203A900.minamijima@mahorex.com> 南島です。 追伸・・ captiveに関しては、ココを参考にしました。 http://fedora.jp/wiki/?FAQ%2FWindows%20%28NTFS%29%20%A4%CE%CE%CE%B0%E8% A4%F2%A5%DE%A5%A6%A5%F3%A5%C8%A4%B7%A4%BF%A4%A4#o60d4641 Kouichi Minamijima wrote: (2004/05/28 13:25) >マホレックスの南島です。 > >dpkg -l で吐き出したテキストをアップしてみました。 >http://ftp.mahorex.com/knob/1.2/doc/dpkg-l.txt >Perlモジュールに関しては、apt-getで入るものはなるべくapt-getで入れまし >た。 >xml関連のモジュールも apt-get libxml-*-perl でまとめて入れてあります。 >libsoap-lite-perlもインストールされています。 >おそらく、apt-get install med-bio の際に一緒に入ったんだったと思います。 > >で、NTFSへの書き込みですが、なんか微妙ですねー。 >captive-ntfsの使い方をよくわかってないのかもしれませんが、 >captive-ntfsを起動してディスクをスキャンすると、うちのマシンだと途中でコ >ケちゃいますね。 >でもその画面はスキップして、マイクロソフトのサイトから必要なファイルをダ >ウンロードさせると >うまく行きました。 >で、読み書きはできました。 ># ・・でもやっぱ怖いですね。あんま多用したくない。。 From itoshi.nikaido ＠ nifty.com Fri May 28 15:20:05 2004 From: itoshi.nikaido ＠ nifty.com (Itoshi NIKAIDO) Date: Fri, 28 May 2004 15:20:05 +0900 Subject: [Knob-dev 16] =?iso-2022-jp?b?UmU6IGtub2IxLjIbJEIlVyVsJVMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJWUhPEhHGyhC?= In-Reply-To: <40B6BF1D.6FB0046E@mahorex.com> References: <7B469154-AD35-11D8-AE7A-000393B3A9E8@nifty.com> <40B6A0EF.B4A2895@mahorex.com> <8B4EDA1C-B051-11D8-85E9-000393B3A9E8@nifty.com> <40B6BF1D.6FB0046E@mahorex.com> Message-ID: <0F894560-B06F-11D8-85E9-000393B3A9E8@nifty.com> にかいどうです。 dpkg -l のリストを確認しました。XML周り OK です。 On 2004/05/28, at 13:25, Kouichi Minamijima wrote: > > で、NTFSへの書き込みですが、なんか微妙ですねー。 > captive-ntfsの使い方をよくわかってないのかもしれませんが、 > captive-ntfsを起動してディスクをスキャンすると、うちのマシンだと途中でコ > ケちゃいますね。 > でもその画面はスキップして、マイクロソフトのサイトから必要なファイルをダ > ウンロードさせると > うまく行きました。 > で、読み書きはできました。 了解です。そのへんも簡単なドキュメントにしておいてくれると助かります。 > # ・・でもやっぱ怖いですね。あんま多用したくない。。 そうですね。実績を調べてみたほうが良いかも。 -- Itoshi NIKAIDO, Ph.D. / http://itoshi.tv/ ruby -rbio -e \ 'n=Bio::Sequence::NA.new("ATTACTCAAAGCCATATTTAAAATATTAAAGCTATTGATCAA");\ puts n.translate.tr!("Q*", "O ")'