From minamijima ＠ mahorex.com Mon Jun 7 11:10:18 2004 From: minamijima ＠ mahorex.com (Koichi Minamijima) Date: Mon, 07 Jun 2004 11:10:18 +0900 Subject: [Knob-dev 17] =?iso-2022-jp?b?UmU6IGtub2IxLjIbJEIlVyVsJVMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJWUhPEhHGyhC?= References: <7B469154-AD35-11D8-AE7A-000393B3A9E8@nifty.com> <40B6A0EF.B4A2895@mahorex.com> <8B4EDA1C-B051-11D8-85E9-000393B3A9E8@nifty.com> <40B6BF1D.6FB0046E@mahorex.com> <0F894560-B06F-11D8-85E9-000393B3A9E8@nifty.com> Message-ID: <40C3CE8A.C26FBA9B@mahorex.com> マホレックスの南島です。 リプライが遅くなってすみません。 その後、いくつかのPCでcaptiveを試してみましたが、 やはりディスクスキャンはうまくいきませんね。 で、KNOPPIX-JPのcaptiveの使い方に関するドキュメントを見つけたのですが、 ( http://buxus.s31.xrea.com/pukiwiki/pukiwiki.php?Captive ) そこでもスキャンの部分はスキップしてますね。 いつも/KNOPPIXディレクトリをみてる時にこけてます。 とりあえず、なんかいまいちな感触です。 で、安定性に関してもちょっと情報不足ですねぇ。 ファイスシステムが壊れたとかの、 致命的なバグは見つかっていなさそうなんですが、 本格的にテストしたってゆう情報は見つかりませんでした。 歴史も浅いようなので、あんま信用はしない方が良さそうな感じです。 そのうち簡単なテストでもしてみようかとも思ってます。 Itoshi NIKAIDO wrote: > > にかいどうです。 > > dpkg -l のリストを確認しました。XML周り OK です。 > > On 2004/05/28, at 13:25, Kouichi Minamijima wrote: > > > > で、NTFSへの書き込みですが、なんか微妙ですねー。 > > captive-ntfsの使い方をよくわかってないのかもしれませんが、 > > captive-ntfsを起動してディスクをスキャンすると、うちのマシンだと途中でコ > > ケちゃいますね。 > > でもその画面はスキップして、マイクロソフトのサイトから必要なファイルをダ > > ウンロードさせると > > うまく行きました。 > > で、読み書きはできました。 > > 了解です。そのへんも簡単なドキュメントにしておいてくれると助かります。 > > > # ・・でもやっぱ怖いですね。あんま多用したくない。。 > > そうですね。実績を調べてみたほうが良いかも。 > > -- > Itoshi NIKAIDO, Ph.D. > / http://itoshi.tv/ > ruby -rbio -e \ > 'n=Bio::Sequence::NA.new("ATTACTCAAAGCCATATTTAAAATATTAAAGCTATTGATCAA");\ > puts n.translate.tr!("Q*", "O ")' > > _______________________________________________ > Knob-dev mailing list > Knob-dev ＠ lists.sourceforge.jp > http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/knob-dev From itoshi.nikaido ＠ nifty.com Mon Jun 7 11:38:52 2004 From: itoshi.nikaido ＠ nifty.com (Itoshi NIKAIDO) Date: Mon, 7 Jun 2004 11:38:52 +0900 Subject: [Knob-dev 18] =?iso-2022-jp?b?UmU6IGtub2IxLjIbJEIlVyVsJVMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJWUhPEhHGyhC?= In-Reply-To: <40C3CE8A.C26FBA9B@mahorex.com> References: <7B469154-AD35-11D8-AE7A-000393B3A9E8@nifty.com> <40B6A0EF.B4A2895@mahorex.com> <8B4EDA1C-B051-11D8-85E9-000393B3A9E8@nifty.com> <40B6BF1D.6FB0046E@mahorex.com> <0F894560-B06F-11D8-85E9-000393B3A9E8@nifty.com> <40C3CE8A.C26FBA9B@mahorex.com> Message-ID: にかいどうです。 NTFSにデータベースを入れて、blast しまくるという実験もありうると 思いますが、そこまで勇気がないというか、マシンがありません。 とりあえず、1.2 はリリースしましょうか。sf.jp のほうへアップロード していただけますか。 On 2004/06/07, at 11:10, Koichi Minamijima wrote: > マホレックスの南島です。 > > リプライが遅くなってすみません。 > その後、いくつかのPCでcaptiveを試してみましたが、 > やはりディスクスキャンはうまくいきませんね。 > > で、KNOPPIX-JPのcaptiveの使い方に関するドキュメントを見つけたのですが、 > ( http://buxus.s31.xrea.com/pukiwiki/pukiwiki.php?Captive ) > そこでもスキャンの部分はスキップしてますね。 > いつも/KNOPPIXディレクトリをみてる時にこけてます。 > とりあえず、なんかいまいちな感触です。 > > で、安定性に関してもちょっと情報不足ですねぇ。 > ファイスシステムが壊れたとかの、 > 致命的なバグは見つかっていなさそうなんですが、 > 本格的にテストしたってゆう情報は見つかりませんでした。 > 歴史も浅いようなので、あんま信用はしない方が良さそうな感じです。 > そのうち簡単なテストでもしてみようかとも思ってます。 > > Itoshi NIKAIDO wrote: >> >> にかいどうです。 >> >> dpkg -l のリストを確認しました。XML周り OK です。 >> >> On 2004/05/28, at 13:25, Kouichi Minamijima wrote: >>> >>> で、NTFSへの書き込みですが、なんか微妙ですねー。 >>> captive-ntfsの使い方をよくわかってないのかもしれませんが、 >>> captive-ntfsを起動してディスクをスキャンすると、うちのマシンだと途中でコ >>> ケちゃいますね。 >>> でもその画面はスキップして、マイクロソフトのサイトから必要なファイルをダ >>> ウンロードさせると >>> うまく行きました。 >>> で、読み書きはできました。 >> >> 了解です。そのへんも簡単なドキュメントにしておいてくれると助かります。 >> >>> # ・・でもやっぱ怖いですね。あんま多用したくない。。 >> >> そうですね。実績を調べてみたほうが良いかも。 >> >> -- >> Itoshi NIKAIDO, Ph.D. >> / http://itoshi.tv/ >> ruby -rbio -e \ >> 'n=Bio::Sequence:: >> NA.new("ATTACTCAAAGCCATATTTAAAATATTAAAGCTATTGATCAA");\ >> puts n.translate.tr!("Q*", "O ")' >> >> _______________________________________________ >> Knob-dev mailing list >> Knob-dev ＠ lists.sourceforge.jp >> http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/knob-dev > _______________________________________________ > Knob-dev mailing list > Knob-dev ＠ lists.sourceforge.jp > http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/knob-dev > > From minamijima ＠ mahorex.com Mon Jun 7 12:41:30 2004 From: minamijima ＠ mahorex.com (Koichi Minamijima) Date: Mon, 7 Jun 2004 12:41:30 +0900 Subject: [Knob-dev 19] =?iso-2022-jp?b?UmU6IGtub2IxLjIbJEIlVyVsJVMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJWUhPEhHGyhC?= In-Reply-To: References: <40C3CE8A.C26FBA9B@mahorex.com> Message-ID: <20040607124130.27C00B00.minamijima@mahorex.com> みなみじまです。 ちょっとfirefoxのブックマークとかをいじくりました。 それを今焼いてる最中で、 これの起動確認ができたらアップしようと思います。 Itoshi NIKAIDO wrote: (2004/06/07 11:38) >にかいどうです。 > >NTFSにデータベースを入れて、blast しまくるという実験もありうると >思いますが、そこまで勇気がないというか、マシンがありません。 > >とりあえず、1.2 はリリースしましょうか。sf.jp のほうへアップロード >していただけますか。 > >On 2004/06/07, at 11:10, Koichi Minamijima wrote: > >> マホレックスの南島です。 >> >> リプライが遅くなってすみません。 >> その後、いくつかのPCでcaptiveを試してみましたが、 >> やはりディスクスキャンはうまくいきませんね。 >> >> で、KNOPPIX-JPのcaptiveの使い方に関するドキュメントを見つけたのですが、 >> ( http://buxus.s31.xrea.com/pukiwiki/pukiwiki.php?Captive ) >> そこでもスキャンの部分はスキップしてますね。 >> いつも/KNOPPIXディレクトリをみてる時にこけてます。 >> とりあえず、なんかいまいちな感触です。 >> >> で、安定性に関してもちょっと情報不足ですねぇ。 >> ファイスシステムが壊れたとかの、 >> 致命的なバグは見つかっていなさそうなんですが、 >> 本格的にテストしたってゆう情報は見つかりませんでした。 >> 歴史も浅いようなので、あんま信用はしない方が良さそうな感じです。 >> そのうち簡単なテストでもしてみようかとも思ってます。 >> >> Itoshi NIKAIDO wrote: >>> >>> にかいどうです。 >>> >>> dpkg -l のリストを確認しました。XML周り OK です。 >>> >>> On 2004/05/28, at 13:25, Kouichi Minamijima wrote: >>>> >>>> で、NTFSへの書き込みですが、なんか微妙ですねー。 >>>> captive-ntfsの使い方をよくわかってないのかもしれませんが、 >>>> captive-ntfsを起動してディスクをスキャンすると、うちのマシンだと途中でコ >>>> ケちゃいますね。 >>>> でもその画面はスキップして、マイクロソフトのサイトから必要なファイルをダ >>>> ウンロードさせると >>>> うまく行きました。 >>>> で、読み書きはできました。 >>> >>> 了解です。そのへんも簡単なドキュメントにしておいてくれると助かります。 >>> >>>> # ・・でもやっぱ怖いですね。あんま多用したくない。。 >>> >>> そうですね。実績を調べてみたほうが良いかも。 >>> >>> -- >>> Itoshi NIKAIDO, Ph.D. >>> / http://itoshi.tv/ >>> ruby -rbio -e \ >>> 'n=Bio::Sequence:: >>> NA.new("ATTACTCAAAGCCATATTTAAAATATTAAAGCTATTGATCAA");\ >>> puts n.translate.tr!("Q*", "O ")' >>> >>> _______________________________________________ >>> Knob-dev mailing list >>> Knob-dev ＠ lists.sourceforge.jp >>> http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/knob-dev >> _______________________________________________ >> Knob-dev mailing list >> Knob-dev ＠ lists.sourceforge.jp >> http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/knob-dev >> >> > >_______________________________________________ >Knob-dev mailing list >Knob-dev ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/knob-dev From minamijima ＠ mahorex.com Mon Jun 7 17:20:43 2004 From: minamijima ＠ mahorex.com (Koichi Minamijima) Date: Mon, 7 Jun 2004 17:20:43 +0900 Subject: [Knob-dev 20] =?iso-2022-jp?b?UmU6IGtub2IxLjIbJEIlVyVsJVMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJWUhPEhHGyhC?= In-Reply-To: References: <40C3CE8A.C26FBA9B@mahorex.com> Message-ID: <20040607172043.3683BF68.minamijima@mahorex.com> 南島@マホレックスです。 http://knob.sourceforge.jp/CD-image/1.2/ isoイメージのアップロード完了です。 しかし、どの程度領域使って平気なんでしょう？ まだ平気そうなので1.1を消さずに1.2のアップしてみました。 #すでに1.4Gの領域を使ってるみたいです。 Itoshi NIKAIDO wrote: (2004/06/07 11:38) >にかいどうです。 > >NTFSにデータベースを入れて、blast しまくるという実験もありうると >思いますが、そこまで勇気がないというか、マシンがありません。 > >とりあえず、1.2 はリリースしましょうか。sf.jp のほうへアップロード >していただけますか。 > From minamijima ＠ mahorex.com Mon Jun 7 17:34:27 2004 From: minamijima ＠ mahorex.com (Koichi Minamijima) Date: Mon, 7 Jun 2004 17:34:27 +0900 Subject: [Knob-dev 21] =?iso-2022-jp?b?QkxBU1QbJEI8QjgzGyhC?= In-Reply-To: <20040607172043.3683BF68.minamijima@mahorex.com> References: <20040607172043.3683BF68.minamijima@mahorex.com> Message-ID: <20040607173427.9DDF5168.minamijima@mahorex.com> 南島です。 #何度もすいません。 >>NTFSにデータベースを入れて、blast しまくるという実験もありうると >>思いますが、そこまで勇気がないというか、マシンがありません。 ウチに、特に使用してなくて、データが壊れても痛くない（HDに逝かれるのは 痛いですが、） ＰＣがありますので、やれないこともないと思います。 できれば数時間以上、あるいは数日働かせっぱなしにしたい所ですが、 データベースと配列はどんなのを使うと良いでしょうか？ BLASTだけでそんだけやるとなると相当な数のquery配列が必要になりますよね。 まあ、その方が、ファイル単位でのread/writeが増えるので実験には適してい ますが。 ・・それともそんな長時間かける必要ないでしょうか。 アドバイスいただけると助かります。 From itoshi.nikaido ＠ nifty.com Mon Jun 7 18:58:49 2004 From: itoshi.nikaido ＠ nifty.com (Itoshi NIKAIDO) Date: Mon, 7 Jun 2004 18:58:49 +0900 Subject: [Knob-dev 22] =?iso-2022-jp?b?UmU6IGtub2IxLjIbJEIlVyVsJVMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJWUhPEhHGyhC?= In-Reply-To: <20040607172043.3683BF68.minamijima@mahorex.com> References: <40C3CE8A.C26FBA9B@mahorex.com> <20040607172043.3683BF68.minamijima@mahorex.com> Message-ID: <45FC234D-B869-11D8-95F4-000393B3A9E8@nifty.com> にかいどうです。 おつかれさまです。 各方面でアナウンスしましょう。 容量は知りません。どこかに書いてあったかな? On 2004/06/07, at 17:20, Koichi Minamijima wrote: > 南島@マホレックスです。 > > http://knob.sourceforge.jp/CD-image/1.2/ > isoイメージのアップロード完了です。 > しかし、どの程度領域使って平気なんでしょう？ > まだ平気そうなので1.1を消さずに1.2のアップしてみました。 > #すでに1.4Gの領域を使ってるみたいです。 > > > Itoshi NIKAIDO wrote: > (2004/06/07 11:38) > >> にかいどうです。 >> >> NTFSにデータベースを入れて、blast しまくるという実験もありうると >> 思いますが、そこまで勇気がないというか、マシンがありません。 >> >> とりあえず、1.2 はリリースしましょうか。sf.jp のほうへアップロード >> していただけますか。 >> > > _______________________________________________ > Knob-dev mailing list > Knob-dev ＠ lists.sourceforge.jp > http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/knob-dev > > -- Itoshi NIKAIDO, Ph.D. / http://itoshi.tv/ ruby -rbio -e \ 'n=Bio::Sequence::NA.new("ATTACTCAAAGCCATATTTAAAATATTAAAGCTATTGATCAA");\ puts n.translate.tr!("Q*", "O ")' From itoshi.nikaido ＠ nifty.com Mon Jun 7 19:05:49 2004 From: itoshi.nikaido ＠ nifty.com (Itoshi NIKAIDO) Date: Mon, 7 Jun 2004 19:05:49 +0900 Subject: [Knob-dev 23] =?iso-2022-jp?b?UmU6IEJMQVNUGyRCPEI4MxsoQg==?= In-Reply-To: <20040607173427.9DDF5168.minamijima@mahorex.com> References: <20040607172043.3683BF68.minamijima@mahorex.com> <20040607173427.9DDF5168.minamijima@mahorex.com> Message-ID: <408FDE5B-B86A-11D8-95F4-000393B3A9E8@nifty.com> にかいどうです。 マシンのスペックを教えてください。あと、Knob を立ちあげた段階で どのぐらい memory が残ってますか? On 2004/06/07, at 17:34, Koichi Minamijima wrote: > 南島です。 > #何度もすいません。 > >>> NTFSにデータベースを入れて、blast しまくるという実験もありうると >>> 思いますが、そこまで勇気がないというか、マシンがありません。 > > ウチに、特に使用してなくて、データが壊れても痛くない（HDに逝かれるのは > 痛いですが、） > ＰＣがありますので、やれないこともないと思います。 > できれば数時間以上、あるいは数日働かせっぱなしにしたい所ですが、 > データベースと配列はどんなのを使うと良いでしょうか？ > BLASTだけでそんだけやるとなると相当な数のquery配列が必要になりますよね。 > まあ、その方が、ファイル単位でのread/writeが増えるので実験には適してい > ますが。 > ・・それともそんな長時間かける必要ないでしょうか。 > > アドバイスいただけると助かります。 > _______________________________________________ > Knob-dev mailing list > Knob-dev ＠ lists.sourceforge.jp > http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/knob-dev > > -- Itoshi NIKAIDO, Ph.D. / http://itoshi.tv/ ruby -rbio -e \ 'n=Bio::Sequence::NA.new("ATTACTCAAAGCCATATTTAAAATATTAAAGCTATTGATCAA");\ puts n.translate.tr!("Q*", "O ")' From minamijima ＠ mahorex.com Mon Jun 7 19:57:39 2004 From: minamijima ＠ mahorex.com (Koichi Minamijima) Date: Mon, 07 Jun 2004 19:57:39 +0900 Subject: [Knob-dev 24] =?iso-2022-jp?b?UmU6IGtub2IxLjIgGyRCJVclbCVTGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJWUhPEhHGyhC?= In-Reply-To: <45FC234D-B869-11D8-95F4-000393B3A9E8@nifty.com> References: <45FC234D-B869-11D8-95F4-000393B3A9E8@nifty.com> Message-ID: <200406071049.i57AnXU20180@www.cel-eigo.com> 南島です。 > 各方面でアナウンスしましょう。 じゃあ、自分はやはりKNOPPIX-JP MLでしょうか。 他はお願いしちゃってＯＫですか？Itoshi NIKAIDO wrote: > 容量は知りません。どこかに書いてあったかな? 前に探したんですが、わかりませんでした。 でもquotaの設定はしてないみたいで、 df -h すると、 Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on /dev/sda2 3.8G 829M 2.7G 23% / /dev/sda3 965M 804k 915M 1% /tmp /dev/md0 11G 157M 10G 2% /var usr-file:/home/users 265G 52G 200G 21% /var/autofs/misc/users grp-file:/home/groups 265G 52G 200G 21% /var/autofs/misc/groups こんなんなります。 ・・なんか怒られない限り、とことん使えてしまいそうな気もします。。 #なんか特殊なことやってるのかもしれませんが。 From minamijima ＠ mahorex.com Mon Jun 7 20:12:28 2004 From: minamijima ＠ mahorex.com (Koichi Minamijima) Date: Mon, 07 Jun 2004 20:12:28 +0900 Subject: [Knob-dev 25] =?iso-2022-jp?b?UmU6IEJMQVNUIBskQjxCODMbKEI=?= In-Reply-To: <408FDE5B-B86A-11D8-95F4-000393B3A9E8@nifty.com> References: <408FDE5B-B86A-11D8-95F4-000393B3A9E8@nifty.com> Message-ID: <200406071104.i57B4MU21069@www.cel-eigo.com> 南島です。 > マシンのスペックを教えてください。あと、Knob を立ちあげた段階で > どのぐらい memory が残ってますか? 自宅に帰ってきてしまったので、 ざっくりとしかわかりませんが、 CPU : Celeron 1.8GHz HD : 40GB (+40GB増設可) Memory: 128MBX1(512MBX2に変更可） OS: WinXP Home chipset: i845G KNOPPIXの起動は確認できてます。 メモリは、1024MBに増設を前提として考えると、 200MBぐらいは残るんじゃないでしょうか。 確か80%ぐらいをramdiskにするので。 From itoshi.nikaido ＠ nifty.com Mon Jun 7 20:56:44 2004 From: itoshi.nikaido ＠ nifty.com (Itoshi NIKAIDO) Date: Mon, 7 Jun 2004 20:56:44 +0900 Subject: [Knob-dev 26] =?iso-2022-jp?b?UmU6IGtub2IxLjIgGyRCJVclbCVTGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJWUhPEhHGyhC?= In-Reply-To: <200406071049.i57AnXU20180@www.cel-eigo.com> References: <45FC234D-B869-11D8-95F4-000393B3A9E8@nifty.com> <200406071049.i57AnXU20180@www.cel-eigo.com> Message-ID: にかいどうです。 On 2004/06/07, at 19:57, Koichi Minamijima wrote: > >> 各方面でアナウンスしましょう。 > じゃあ、自分はやはりKNOPPIX-JP MLでしょうか。 > 他はお願いしちゃってＯＫですか？ KNOPPIX-JP ML はよろしくお願いします。他は適当にこっちでやります。 > Itoshi NIKAIDO wrote: > >> 容量は知りません。どこかに書いてあったかな? > 前に探したんですが、わかりませんでした。 了解です。こっちでも暇なときに調べてみます。 とりあえず、怒られない程度に常識の範囲で使っていきましょう。 -- Itoshi NIKAIDO, Ph.D. / http://itoshi.tv/ ruby -rbio -e \ 'n=Bio::Sequence::NA.new("ATTACTCAAAGCCATATTTAAAATATTAAAGCTATTGATCAA");\ puts n.translate.tr!("Q*", "O ")'