From itoshi.nikaido ＠ nifty.com Thu Mar 2 09:29:33 2006 From: itoshi.nikaido ＠ nifty.com (Itoshi NIKAIDO) Date: Thu, 2 Mar 2006 09:29:33 +0900 Subject: [Knob-dev 62] =?iso-2022-jp?b?UmU6IBskQk1XSz4laiU5JUgbKEI=?= In-Reply-To: References: Message-ID: にかいどうです。 1は壁紙で対応しましょう。 2はお願いします。apt-getで対応できると思います。 3はftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/ にあるプログラムです。ほとんどconfigure,make,make install で入ります。もともとapt-getで入っているものもいくつか あります。容量的に難しい場合は見送ります。 4は最低限、BioPerlとBioRubyが動けばいいと思います。 DebianのRubyは標準ライブラリが別のパッケージになっている のでそれだけ入れてくれれば良いと思います。特にSOAP周り がないとデータベースにアクセスできなくなるので確認して 頂けると幸いです。 5は見送りましょう。 6は対応済みですね。 7は先日お送りしたものに差し替えてください。 以上、よろしくお願いします。 On 1/31/06, Itoshi NIKAIDO wrote: > にかいどうです。 > > 前回のKNOBで要望を受けたことをメモした > ものを発見しました。参考までに送ります。 > > 実現できるものはなるべくしたいですね。 > > 1. バージョンがわかるようにする > バージョンによってソフトの構成が違うため、 > サポートの際にバージョンを聞く必要があるが、 > 現在のKNOBでバージョンを明示的に知る方法が > ない。 > > $ cd ~/ > $ touch KNOB2.0.0 > > とかしておけばいいと思う。 > > 2. PyMOLのGUI動作に必要な pythonのdistutils.spawnがない > > 3. EMBASSYがない > EMBOSSが必要とするサードパーティのソフト群をこう呼ぶが > それがすべて入っている訳ではない。よって、依存するEMBOSS > のプログラムの一部が動かない > > 4. Ruby/Perlのライブラリ > mysql, BDB, DBI, XML周りのライブラリを充実させてほしい。 > > 5. EMBOSSのデータをいれてほしい > PROSITEやREPEATのデータベースを入れてほしい。これは > 容量と相談か? > > 6. UNIONFSへの対応 > 足りないライブラリなどを自分で足せるので。 > > 7. emboss.defaultのデータベース名の改善 > GENBANKN とあるがタンパク質もとれる。URLもより適切な > ものがあるのでは? > > -- > Itoshi NIKAIDO, Ph.D. > -- Itoshi NIKAIDO, Ph.D. FF20 8296 ED6F D9E5 7D05 8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2 From itoshi.nikaido ＠ nifty.com Thu Mar 2 09:35:48 2006 From: itoshi.nikaido ＠ nifty.com (Itoshi NIKAIDO) Date: Thu, 2 Mar 2006 09:35:48 +0900 Subject: [Knob-dev 63] =?iso-2022-jp?b?UmU6IBskQkJoGyhCMxskQjJzJSobKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCITwlVyVzJVAlJCUqOCY1ZjJxR1tJW0hHJEskRCQkGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJEYbKEI=?= In-Reply-To: <44059E6D.307A861D@ssl.fujitsu.com> References: <44059E6D.307A861D@ssl.fujitsu.com> Message-ID: にかいどうです。 おつかれさまです。 On 3/1/06, Go Yamamoto wrote: > ・各種パッケージ追加 完了 > →ただし、[Knob-dev 42] 要望リスト　で出たものは大半が未収録 別メールで書きましたので、そちらをご覧下さい。 > ・Accelerated-KNOB 未着手 > →Accelerated-KNOPPIX ドキュメントを参考に取り組む(たぶん間に合う) ぜひ挑戦したいですね。 > ・Taveruna収録 完了 > ごく簡単な追加サービスを同梱できます(HelloWorldレベル)。 これが大きいですね。 > ・壁紙、その他の細かい使い勝手の向上は未着手 > →ディスカッションしながらどうするか決めましょうか? そうですね。プログラムをメニューに入れるのはできますか? > ・Java実行環境の配布 > 実行環境の配布条件に「開発したプログラムと共に配布すること」 > とあるので、以下のように二次配布ができない? > OK: 作成者→誰か > NG: 作成者→誰か→そのまた誰か それこそ数行の適当なプログラムを書いて同梱すればいいのですよね。 もし、BioJavaを入れるならそれでなにか書きますけど、こちらで。 > ○その他 > ・配布用サーバの予算申請まではこぎつけました。 > 申請がとおるよう祈っている状態です。 ありがとうございます。こちらでも祈っています。 > ・イメージはどうやってお送りしましょうか? > →3/8マスターアップを目指しています。 knob.sourceforge.jp にアップしてください。 shell.sourceforge.jp にscpすればよいです。 あと、G-language は入れましたか? -- Itoshi NIKAIDO, Ph.D. FF20 8296 ED6F D9E5 7D05 8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2