From gyama ＠ ssl.fujitsu.com Sat Mar 4 03:22:15 2006 From: gyama ＠ ssl.fujitsu.com (Go Yamamoto) Date: Sat, 04 Mar 2006 03:22:15 +0900 Subject: [Knob-dev 64] =?iso-2022-jp?b?UmU6IBskQkJoGyhCMxskQjJzJSobKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCITwlVyVzJVAlJCUqOCY1ZjJxR1tJW0hHJEskRCQkGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJEYbKEI=?= References: <44059E6D.307A861D@ssl.fujitsu.com> Message-ID: <44088957.B3C4CC55@ssl.fujitsu.com> 山本です。遅くなってすみません。 二階堂先生の発表もありますし、間に合わせたい気持ちはもちろんある のですが、3/9 時点ですべて入れ込むのは厳しいか、という状況です。 Itoshi NIKAIDO wrote: > > ・Accelerated-KNOB 未着手 > > →Accelerated-KNOPPIX ドキュメントを参考に取り組む(たぶん間に合う) > > ぜひ挑戦したいですね。 knoppix 4.0.2 ベースになっているので、ドキュメントの手順どおりに 行えば問題なくいけそうです。 ただ、イメージ作成→実行してプロファイルをとる→最適化する、とい う手順を踏むので、それなりに時間はかかりそうなところは留意する必 要があります。 > > ・Taveruna収録 完了 > > ごく簡単な追加サービスを同梱できます(HelloWorldレベル)。 > > これが大きいですね。 後述の Java 実行環境が少々問題です。 > > ・壁紙、その他の細かい使い勝手の向上は未着手 > > →ディスカッションしながらどうするか決めましょうか? > > そうですね。プログラムをメニューに入れるのはできますか? うーん、ちょっと苦しくなってきました。 8日までのアップをあきらめて、10日に CD-R に焼くことにしましょう か? CD-RW ドライブつきの NotePC は持参しますので。 > > ・Java実行環境の配布 > > 実行環境の配布条件に「開発したプログラムと共に配布すること」 > > とあるので、以下のように二次配布ができない? > > OK: 作成者→誰か > > NG: 作成者→誰か→そのまた誰か > > それこそ数行の適当なプログラムを書いて同梱すればいいのですよね。 > もし、BioJavaを入れるならそれでなにか書きますけど、こちらで。 一次配布可能な条件はこちらで作成した、Taverna の追加のサービスを 同梱することでクリアしています。 お配りする CD-R を我々以外の方が二次配布したい場合に、二次配布を 行おうとする方が作成したプログラムが KNOB には含まれていないの で、二次配布できない、という縛りになるように思えます(KNOB 自体は GPL を採用されるわけですが、この2つのライセンス間の整合性 は。。？)。 ただ、そこだけ抵触するなら再配布時したい時はリマスタして削除して ください、という話も成り立つようにも見えます。 このあたり、情報等お持ちでしたら教えてください。 > > ・イメージはどうやってお送りしましょうか? > > →3/8マスターアップを目指しています。 > > knob.sourceforge.jp にアップしてください。 > shell.sourceforge.jp にscpすればよいです。 了解しました。 > あと、G-language は入れましたか? 入っていますが、「荒川さんにいただく最新版」になっていない状態で す。 もう1通お送りします。 -- 山本 剛(ごう) E-mail: gyama ＠ ssl.fujitsu.com From gyama ＠ ssl.fujitsu.com Sat Mar 4 03:48:49 2006 From: gyama ＠ ssl.fujitsu.com (Go Yamamoto) Date: Sat, 04 Mar 2006 03:48:49 +0900 Subject: [Knob-dev 65] =?iso-2022-jp?b?UmU6IBskQk1XSz4laiU5JUgbKEI=?= References: Message-ID: <44088F91.7A5E65C@ssl.fujitsu.com> 山本です。現状の詳細なご報告です。 Itoshi NIKAIDO wrote: > > > 1. バージョンがわかるようにする > 1は壁紙で対応しましょう。 今のところ /etc/knob-version ファイルを追加しています。 中身は以下のようになっています。 # cat /etc/knob-version 2.0 Beta(Build 2006.03.01) > > 2. PyMOLのGUI動作に必要な pythonのdistutils.spawnがない > 2はお願いします。apt-getで対応できると思います。 pythonの基本パッケージ(pyrhon2.3)に /usr/lib/python2.3/distutils/spawn.py /usr/lib/python2.3/distutils/spawn.pyc /usr/lib/python2.3/distutils/spawn.pyo のファイルが格納されていますので自動的に対応済みです。 > 3はftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/ > にあるプログラムです。ほとんどconfigure,make,make install > で入ります。もともとapt-getで入っているものもいくつか > あります。容量的に難しい場合は見送ります。 すみません。ここは容量の問題で現在は入っていません。 見送らせてください。 > 4は最低限、BioPerlとBioRubyが動けばいいと思います。 > DebianのRubyは標準ライブラリが別のパッケージになっている > のでそれだけ入れてくれれば良いと思います。特にSOAP周り > がないとデータベースにアクセスできなくなるので確認して > 頂けると幸いです。 Perlのほうは満たしています。 Rubyのほうはmysql, BDB, DBIL周りがありませんが最低限は満たしてい ます。 Rubyの具体的なパッケージ名はご提示いただくことは可能でしょうか? debianパッケージがあり、容量的に可能なものは入れられそうです。 > > 5. EMBOSSのデータをいれてほしい > > PROSITEやREPEATのデータベースを入れてほしい。これは > > 容量と相談か? > 5は見送りましょう。 現状で BIO Linuxから持ってきた EMBOSS data(2.9)は入っています。 データベースはAAINDEX PRINTS PROSITE REBASE です。 REPEAT は BioLinux の EMBOSS data のパッケージに入っていませんで した。 > 6は対応済みですね。 はい、問題ありません。 > > 7. emboss.defaultのデータベース名の改善 > > GENBANKN とあるがタンパク質もとれる。URLもより適切な > > ものがあるのでは? > 7は先日お送りしたものに差し替えてください。 差し替え完了です。 JRE、壁紙、メニューのあたりはこちらで検討します。 ＃凝った壁紙をつくる時間はなさそうです。 よろしくお願いします。 -- 山本 剛(ごう) E-mail: gyama ＠ ssl.fujitsu.com From itoshi.nikaido ＠ nifty.com Sat Mar 4 18:25:32 2006 From: itoshi.nikaido ＠ nifty.com (Itoshi NIKAIDO) Date: Sat, 4 Mar 2006 18:25:32 +0900 Subject: [Knob-dev 66] =?iso-2022-jp?b?UmU6IBskQkJoGyhCMxskQjJzJSobKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCITwlVyVzJVAlJCUqOCY1ZjJxR1tJW0hHJEskRCQkGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJEYbKEI=?= In-Reply-To: <44088957.B3C4CC55@ssl.fujitsu.com> References: <44059E6D.307A861D@ssl.fujitsu.com> <44088957.B3C4CC55@ssl.fujitsu.com> Message-ID: にかいどうです。 おつかれさまです。 On 3/4/06, Go Yamamoto wrote: > > > > ・壁紙、その他の細かい使い勝手の向上は未着手 > > > →ディスカッションしながらどうするか決めましょうか? > > > > そうですね。プログラムをメニューに入れるのはできますか? > > うーん、ちょっと苦しくなってきました。 ここはパスしましょう。 > 8日までのアップをあきらめて、10日に CD-R に焼くことにしましょう > か? > CD-RW ドライブつきの NotePC は持参しますので。 それでもいいですね。 > ただ、そこだけ抵触するなら再配布時したい時はリマスタして削除して > ください、という話も成り立つようにも見えます。 それでいきましょう。Javaを入れるメリットはかなりおおきいので。 > > あと、G-language は入れましたか? > > 入っていますが、「荒川さんにいただく最新版」になっていない状態で > す。 荒川さんから今までもらったプログラムをお送りしました。 それらに差し替えてください。 -- Itoshi NIKAIDO, Ph.D. FF20 8296 ED6F D9E5 7D05 8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2