From itoshi.nikaido ＠ nifty.com Tue Mar 28 14:57:29 2006 From: itoshi.nikaido ＠ nifty.com (Itoshi NIKAIDO) Date: Tue, 28 Mar 2006 14:57:29 +0900 Subject: [Knob-dev 87] =?iso-2022-jp?b?UmU6IEtOT0IgMi4wYhskQiRHJE4bKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJVAlMBsoQg==?= In-Reply-To: References: <7348861E-2BFB-4710-B79F-4439477C156F@sfc.keio.ac.jp> Message-ID: にかいどうです。 ありがとうございます。これで導入しやすくなります。 On 3/28/06, Kazuharu Arakawa wrote: > 荒川です。 > > 若干重いですが添付で失礼します（1.3MB) > > GforKnobとしてパッケージしました。bin/ とg-language/は/usrl/local/ > に、shareは/usr直下に（移動しましたね？）置いていただければ良いはずです。 > ただ、今knob 4 betaに入っているGが相当古いので、関連CPANモジュールは > いくつか入れていただく必要があるかもしれません。 > > コマンドラインでGコマンドを入力して確かめてみてください。 > > 最終的に、 > 1. KDEメニュー、コマンドラインの両方で、glang及びg2s.plコマンドが > 動作するか、 > 2. コマンドラインでGコマンドが動作するか > を確認してください。 > > よろしくお願いいたします。 > > > > > Kazuharu Arakawa, Ph.D. > Institute for Advanced Biosciences, Keio University > 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099 > > > On 2006/03/24, at 3月24日金曜日10:52, Itoshi NIKAIDO wrote: > > > にかいどうです。 > > > > お返事ありがとうございます。 > > > > なるほど、KNOB 1.3.2 のバージョンになっていないのですね。 > > これはこちら側での連絡ミスだと思います。以前、荒川さん > > から頂いたファイルをリマスターの方に送ったつもりだったの > > ですが足りなかったかもしれません。確認してみます。 > > > > 一度、G-language for KNOB というかたちでパッケージにした > > ほうがいいかもしれません。 > > > > 高速化のファイルもお待ちしております。 > > > > On 3/24/06, Kazuharu Arakawa wrote: > >> 荒川です。 > >> > >> 返信遅くなってしまってすみません。 > >> 原因わかりました。が、ちょっと複雑です。 > >> > >> 問題1. glangがコマンドラインで普通に起動しない > >> → export LC_ALL=C　をすれば動く > >> なぜだかよくわかりませんが、これは.profilesにでも書いていただければよいかと。 > >> > >> 問題2. Gコマンドが正常に起動しない > >> →g-languageのバージョンが、公開されているものをアップデートしていない私が > >> 悪いのですが、かなり古いです。以前のknobにインストールされていたものを > >> 入れていただきたいです。 > >> > >> 問題3. g2s.plが動かない > >> →バージョンが古くて画像が入っていません。g2s.plはまだGの正式リリースに > >> 入れていないので、KNOBにしか入っていません。というわけで、KNOB 3.2に > >> あったものを上記同様入れていただきたいです。 > >> > >> まず上の問題は解決できますでしょうか？できるようであれば追加でg2s.plを > >> 高速化するfixをしたので、それも入れていただきたいです。 > >> > >> いろいろお手数かけてしまい申しわけないです。 > >> > >> > >> Kazuharu Arakawa, Ph.D. > >> Institute for Advanced Biosciences, Keio University > >> 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099 > >> > >> > >> On 2006/03/22, at 3月22日水曜日10:29, Itoshi NIKAIDO wrote: > >> > >>> にかいどうです。 > >>> > >>> KNOB 2.0b で、G-languageが動かない部分があるとのこと > >>> でしたが、もし原因がわかりましたらお知らせ頂けると > >>> 幸いです。KNOB 2.0正式版では修正したいと思います。 > >>> > >>> -- > >>> Itoshi NIKAIDO, Ph.D. > >>> FF20 8296 ED6F D9E5 7D05 8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2 > >>> > >> > >> > > > > > > -- > > Itoshi NIKAIDO, Ph.D. > > FF20 8296 ED6F D9E5 7D05 8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2 > > > > > > > -- Itoshi NIKAIDO, Ph.D. FF20 8296 ED6F D9E5 7D05 8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2 From itoshi.nikaido ＠ nifty.com Tue Mar 28 15:01:17 2006 From: itoshi.nikaido ＠ nifty.com (Itoshi NIKAIDO) Date: Tue, 28 Mar 2006 15:01:17 +0900 Subject: [Knob-dev 88] =?iso-2022-jp?b?RndkOiBLTk9CIDIuMGIbJEIkRyROGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJVAlMBsoQg==?= In-Reply-To: References: <7348861E-2BFB-4710-B79F-4439477C156F@sfc.keio.ac.jp> Message-ID: にかいどうです。 G-lanugage が起動しないバグの件です。 荒川さんがKNOB 用にパッケージングしてくれました。 新たに必要となるPerl moduleがありますので、起動して 確認してみてください。 ---------- Forwarded message ---------- From: Kazuharu Arakawa Date: Mar 28, 2006 3:30 AM Subject: Re: KNOB 2.0bでのバグ To: Itoshi NIKAIDO Cc: "\"\"knob 開発者向けメーリングリスト\"\"" 荒川です。 若干重いですが添付で失礼します（1.3MB) GforKnobとしてパッケージしました。bin/ とg-language/は/usrl/local/ に、shareは/usr直下に（移動しましたね？）置いていただければ良いはずです。 ただ、今knob 4 betaに入っているGが相当古いので、関連CPANモジュールは いくつか入れていただく必要があるかもしれません。 コマンドラインでGコマンドを入力して確かめてみてください。 最終的に、 1. KDEメニュー、コマンドラインの両方で、glang及びg2s.plコマンドが 動作するか、 2. コマンドラインでGコマンドが動作するか を確認してください。 よろしくお願いいたします。 Kazuharu Arakawa, Ph.D. Institute for Advanced Biosciences, Keio University 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099 On 2006/03/24, at 3月24日金曜日10:52, Itoshi NIKAIDO wrote: > にかいどうです。 > > お返事ありがとうございます。 > > なるほど、KNOB 1.3.2 のバージョンになっていないのですね。 > これはこちら側での連絡ミスだと思います。以前、荒川さん > から頂いたファイルをリマスターの方に送ったつもりだったの > ですが足りなかったかもしれません。確認してみます。 > > 一度、G-language for KNOB というかたちでパッケージにした > ほうがいいかもしれません。 > > 高速化のファイルもお待ちしております。 > > On 3/24/06, Kazuharu Arakawa wrote: >> 荒川です。 >> >> 返信遅くなってしまってすみません。 >> 原因わかりました。が、ちょっと複雑です。 >> >> 問題1. glangがコマンドラインで普通に起動しない >> → export LC_ALL=C　をすれば動く >> なぜだかよくわかりませんが、これは.profilesにでも書いていただければよいかと。 >> >> 問題2. Gコマンドが正常に起動しない >> →g-languageのバージョンが、公開されているものをアップデートしていない私が >> 悪いのですが、かなり古いです。以前のknobにインストールされていたものを >> 入れていただきたいです。 >> >> 問題3. g2s.plが動かない >> →バージョンが古くて画像が入っていません。g2s.plはまだGの正式リリースに >> 入れていないので、KNOBにしか入っていません。というわけで、KNOB 3.2に >> あったものを上記同様入れていただきたいです。 >> >> まず上の問題は解決できますでしょうか？できるようであれば追加でg2s.plを >> 高速化するfixをしたので、それも入れていただきたいです。 >> >> いろいろお手数かけてしまい申しわけないです。 >> >> >> Kazuharu Arakawa, Ph.D. >> Institute for Advanced Biosciences, Keio University >> 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099 >> >> >> On 2006/03/22, at 3月22日水曜日10:29, Itoshi NIKAIDO wrote: >> >>> にかいどうです。 >>> >>> KNOB 2.0b で、G-languageが動かない部分があるとのこと >>> でしたが、もし原因がわかりましたらお知らせ頂けると >>> 幸いです。KNOB 2.0正式版では修正したいと思います。 >>> >>> -- >>> Itoshi NIKAIDO, Ph.D. >>> FF20 8296 ED6F D9E5 7D05 8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2 >>> >> >> > > > -- > Itoshi NIKAIDO, Ph.D. > FF20 8296 ED6F D9E5 7D05 8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2 > -- Itoshi NIKAIDO, Ph.D. FF20 8296 ED6F D9E5 7D05 8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2 -------------- next part -------------- テキスト形式以外の添付ファイルを保管しました... ファイル名: GforKnob.tgz 型: application/octet-stream サイズ: 1369624 バイト 説明: 無し URL: http://lists.sourceforge.jp/mailman/archives/knob-dev/attachments/20060328/94d27fee/attachment.obj From gyama ＠ ssl.fujitsu.com Tue Mar 28 16:30:17 2006 From: gyama ＠ ssl.fujitsu.com (Go Yamamoto) Date: Tue, 28 Mar 2006 16:30:17 +0900 Subject: [Knob-dev 89] =?iso-2022-jp?b?UmU6IEZ3ZDogS05PQiAyLjBi?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJEckTiVQJTAbKEI=?= References: <7348861E-2BFB-4710-B79F-4439477C156F@sfc.keio.ac.jp> Message-ID: <4428E609.CC2D89D1@ssl.fujitsu.com> 山本です。 ＃レスポンスが悪くて申し訳ありません。 Itoshi NIKAIDO wrote: > > G-lanugage が起動しないバグの件です。 > 荒川さんがKNOB 用にパッケージングしてくれました。 > 新たに必要となるPerl moduleがありますので、起動して > 確認してみてください。 ありがとうございます。 Web サイトのもののほうが新しいだろうと思い込んで、わざわざそちら から入れていました。すみません。 ところで Chem-Ruby はどうしましょうか? 検索したところでは、公開ページ等見つけられなかったのですが。 申し訳ありませんが、そこも橋渡しをお願いできますか? またこちらの現状報告としては以下のような状況です。 ・さらに高速化 　KNOB2.0β(Normal版) 5分50秒 　KNOB2.0β(オープンバイオ研究会で配布した版） 2分20秒 　KNOB2.0β(3/27版)の起動速度 1分30秒 　Accelerated-KNOPPIX 1分25秒 　 　ですので公開されている手法では、これが限界かと考えています。 ・壁紙作成中(今週中作成の見込み) ・残項目は G-lanugage、Chem-Ruby と認識 そこまで終わったら β2 とでもして配布して、問題なければそのまま 正式 2.0 にしましょうか? -- 山本 剛(ごう) E-mail: gyama ＠ ssl.fujitsu.com 富士通SSL ソリューション事業部 Webサイトソリューション部 Tel: 044-739-1551 Toll-Dial: 7166-3799【内線変わりました】 From itoshi.nikaido ＠ nifty.com Tue Mar 28 16:44:29 2006 From: itoshi.nikaido ＠ nifty.com (Itoshi NIKAIDO) Date: Tue, 28 Mar 2006 16:44:29 +0900 Subject: [Knob-dev 90] =?iso-2022-jp?b?UmU6IEZ3ZDogS05PQiAyLjBi?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJEckTiVQJTAbKEI=?= In-Reply-To: <4428E609.CC2D89D1@ssl.fujitsu.com> References: <7348861E-2BFB-4710-B79F-4439477C156F@sfc.keio.ac.jp> <4428E609.CC2D89D1@ssl.fujitsu.com> Message-ID: にかいどうです。 おつかれさまです。 Chemrubyは以下からダウンロードしてください。 http://chemruby.org/hiki/hiki.cgi?Download 高速化はすごいパフォーマンスがでていますね。 これは期待できます。 P.S. Chemrubyが導入されるとなると、Knoppix for bio より相応わしい 名前が必要かもしれませんね。bioとchemを括る言葉がないので よいものが浮びませんけど。 On 3/28/06, Go Yamamoto wrote: > 山本です。 > ＃レスポンスが悪くて申し訳ありません。 > > Itoshi NIKAIDO wrote: > > > > G-lanugage が起動しないバグの件です。 > > 荒川さんがKNOB 用にパッケージングしてくれました。 > > 新たに必要となるPerl moduleがありますので、起動して > > 確認してみてください。 > > ありがとうございます。 > Web サイトのもののほうが新しいだろうと思い込んで、わざわざそちら > から入れていました。すみません。 > > ところで Chem-Ruby はどうしましょうか? > 検索したところでは、公開ページ等見つけられなかったのですが。 > 申し訳ありませんが、そこも橋渡しをお願いできますか? > > > またこちらの現状報告としては以下のような状況です。 > > ・さらに高速化 > KNOB2.0β(Normal版) 5分50秒 > KNOB2.0β(オープンバイオ研究会で配布した版） 2分20秒 > KNOB2.0β(3/27版)の起動速度 1分30秒 > Accelerated-KNOPPIX 1分25秒 > > ですので公開されている手法では、これが限界かと考えています。 > > ・壁紙作成中(今週中作成の見込み) > > ・残項目は G-lanugage、Chem-Ruby と認識 > > そこまで終わったら β2 とでもして配布して、問題なければそのまま > 正式 2.0 にしましょうか? > > -- > 山本 剛(ごう) E-mail: gyama ＠ ssl.fujitsu.com > 富士通SSL ソリューション事業部 Webサイトソリューション部 > Tel: 044-739-1551 Toll-Dial: 7166-3799【内線変わりました】 > > _______________________________________________ > Knob-dev mailing list > Knob-dev ＠ lists.sourceforge.jp > http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/knob-dev > -- Itoshi NIKAIDO, Ph.D. FF20 8296 ED6F D9E5 7D05 8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2 From gyama ＠ ssl.fujitsu.com Tue Mar 28 17:05:39 2006 From: gyama ＠ ssl.fujitsu.com (Go Yamamoto) Date: Tue, 28 Mar 2006 17:05:39 +0900 Subject: [Knob-dev 91] =?iso-2022-jp?b?UmU6IEZ3ZDogS05PQiAgMi4wYg==?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJEckTiVQJTAbKEI=?= References: <7348861E-2BFB-4710-B79F-4439477C156F@sfc.keio.ac.jp> <4428E609.CC2D89D1@ssl.fujitsu.com> Message-ID: <4428EE53.7087EBC8@ssl.fujitsu.com> 山本です。おつかれさまです。 Itoshi NIKAIDO wrote: > Chemrubyは以下からダウンロードしてください。 > http://chemruby.org/hiki/hiki.cgi?Download 了解しました。ありがとうございます。 ＃Chemruby でひとつづき、ですね。 > 高速化はすごいパフォーマンスがでていますね。 起動時間が、ほぼ 1/4 ですね。 ためしに起動してみるような場合の印象アップにかなり寄与できそう です。 > P.S. > Chemrubyが導入されるとなると、Knoppix for bio より相応わしい > 名前が必要かもしれませんね。bioとchemを括る言葉がないので > よいものが浮びませんけど。 生化学ですと、単純に biochemistry ですが、これだとやはり違和感が あるのでしょうか。 ＃ 2.0 のフレーズは、ABC? ＃ A ccelerated ＃ B io-MOBY ＃ C hemistry ＊＊＊ 壁紙と、そこに入れるロゴを今製作してもらっています。 本当は候補を挙げて選んでいただきたかったのですが、本職の人になん とか時間をあけてもらって依頼したので、ちょっと余裕がありません。 すみませんが、今回は一発勝負とさせてください。 KNOB 2.0 か KNOPPIX for Bio 2.0 のどちらかデザイン的にまとまりの いいほうのロゴが壁紙に入ります。 -- 山本 剛(ごう) E-mail: gyama ＠ ssl.fujitsu.com