From dritoshi ＠ gmail.com Wed Jun 14 11:00:04 2006 From: dritoshi ＠ gmail.com (Itoshi NIKAIDO) Date: Wed, 14 Jun 2006 11:00:04 +0900 Subject: [Knob-dev 108] =?iso-2022-jp?b?S05PQhskQiRIGyhCRW5zZW1ibA==?= Message-ID: にかいどうです。 リマスタリングの状況はいかがですか? ここのところEnsemblを外部から利用する方法が確立してきました。 Ensemblは真核生物の全ゲノムデータベースで、この業界では良く 使われているものです。 ただ、これまでは、Webのインターフェイスか、公開されているMySQL サーバーに直接アクセスするしか、データを得る方法がありませんでした。 しかし、BioRubyに Bio::Ensembl ができたことで、Ensemblのゲノム配列 を自在に取得することが可能になりました。また、Taverna の biomart plugin がリリースされ、複雑なクエリーをすることができるようになりました。 KNOB からゲノムデータへアクセスができなかったのは、大きな欠点でした が、この2つが搭載されればかなり便利になります。 Tavernaの biomart pluginは http://taverna.sourceforge.net/index.php?doc=biomoby_tutorial.html Bio::Ensembl 入りの BioRubyは以下にあります。 http://code.open-bio.org/cgi-bin/viewcvs/viewcvs.cgi/?cvsroot=bioruby#dirlist ここのTarballからインストールするとBio::Ensemblが含まれます。 ここまでくると、Bioinformatics の面では、欠点といえる欠点がなくなって しまいます。もし、余裕があれば、これらも導入したいです。 しかし、いつまでたっても追加を繰り返しているとリリースできないので、 これらが導入できたらおしまいにしようと思います。 あと、そちらの進捗がわかるような方法があれば、よりプロジェクトが うまく進められると思います。せっかく、リマスタがおわりそうなのに こちらからの新しいオファーが来てやりなおし、みたいなことを防ぎたい と思いますので。 では、よろしくご検討下さい。 -- Itoshi NIKAIDO, Ph.D. FF20 8296 ED6F D9E5 7D05 8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2 From dritoshi ＠ gmail.com Wed Jun 14 11:02:03 2006 From: dritoshi ＠ gmail.com (Itoshi NIKAIDO) Date: Wed, 14 Jun 2006 11:02:03 +0900 Subject: [Knob-dev 109] Taverna 1.4 Message-ID: にかいどうです。 さきほどのbiomart pluginですが Taverna 1.4 に含まれているようですね。 http://taverna.sourceforge.net/wordpress/?p=4 -- Itoshi NIKAIDO, Ph.D. FF20 8296 ED6F D9E5 7D05 8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2 From gyama ＠ ssl.fujitsu.com Wed Jun 14 15:55:08 2006 From: gyama ＠ ssl.fujitsu.com (Go Yamamoto) Date: Wed, 14 Jun 2006 15:55:08 +0900 Subject: [Knob-dev 110] =?iso-2022-jp?b?UmU6IEtOT0IbJEIkSBsoQkVuc2VtYmw=?= References: Message-ID: <448FB2CC.29B212FA@ssl.fujitsu.com> 山本です。おつかれさまです。 Itoshi NIKAIDO wrote: > > リマスタリングの状況はいかがですか? 画像の修正を待って、リマスタして組み込もうかというところです。 下記の 2.0 を今週末までに完了目標とさせてください。 > KNOB からゲノムデータへアクセスができなかったのは、大きな欠点でした > が、この2つが搭載されればかなり便利になります。 なるほど、大変参考になります。 > Tavernaの biomart pluginは > http://taverna.sourceforge.net/index.php?doc=biomoby_tutorial.html > > Bio::Ensembl 入りの BioRubyは以下にあります。 > http://code.open-bio.org/cgi-bin/viewcvs/viewcvs.cgi/?cvsroot=bioruby#dirlist > ここのTarballからインストールするとBio::Ensemblが含まれます。 > > ここまでくると、Bioinformatics の面では、欠点といえる欠点がなくなって > しまいます。もし、余裕があれば、これらも導入したいです。 > > しかし、いつまでたっても追加を繰り返しているとリリースできないので、 > これらが導入できたらおしまいにしようと思います。 はい、ここまでをサポートして、一度 2.0 リリースとさせて いただきたいと思います。 以降は、knoppix 5.0 対応や、その他の拡張を含めて、ご相談 させてください。 > あと、そちらの進捗がわかるような方法があれば、よりプロジェクトが > うまく進められると思います。せっかく、リマスタがおわりそうなのに > こちらからの新しいオファーが来てやりなおし、みたいなことを防ぎたい > と思いますので。 そうですね。 2.0 リリース後に knob そのもの、進め方、その他含めて一度評価を 行い、そのあたりを洗いなおしたいと思います。 当初の予定より大幅に遅れてしまい申し訳ありません。 よろしくお願いします。 -- 山本 剛(ごう) E-mail: gyama ＠ ssl.fujitsu.com