From dritoshi ＠ gmail.com Fri Dec 15 09:38:19 2006 From: dritoshi ＠ gmail.com (Itoshi NIKAIDO) Date: Fri, 15 Dec 2006 09:38:19 +0900 Subject: [Knob-dev 125] =?iso-2022-jp?b?UmU6IGtub2IgGyRCPCEkTiVQITwbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJTglZyVzJDRBakNMGyhC?= In-Reply-To: <45814BE3.C466F3FF@ssl.fujitsu.com> References: <45814BE3.C466F3FF@ssl.fujitsu.com> Message-ID: にかいどうです． おつかれさまです． On 12/14/06, Go Yamamoto wrote: > 希望としては、 Primer3 のお話もあるのですが、Knoppix 5 ベースで > 新しくリマスタリングする方向にさせていただければと考えていますが > いかがでしょうか? ご協力ありがとうございます． ぜひ，Knoppix 5 ベースでいきたいですね． > おおまかに各と以下のような感じかと思います。 > > ・Knoppix 5 ベース > ・Primer3 追加 > ・Ruby on Rails 追加 > ・Plagger 追加 > ・Bioclipse 追加(CDだと無理かも) > http://cheminformatics.seesaa.net/article/19865471.html > > bioclipse は試しに入れてみましたが、ビギナー? の方が使うのに > とっつきやすそうに感じました。研究される方にどの程度有用な > ものなのかはちょっと判断がつかないのですが。 おもしろいですね，Bioclipse. ぜひ入れたいですね． 今回はJavaのアプリも積極的に入れていきたいです． メジャーなのは以下の5つでしょうか． Cytoscape http://www.cytoscape.org/ http://cytoscape.seesaa.net/ 遺伝子ネットワークビューアです．GPLです． BioJava http://biojava.org/wiki/Main_Page バイオ向けのJavaライブラリ．LGPLだったと思います． Jalview http://www.jalview.org/ DNA/アミノ酸配列アライメントエディタ．LGPLです． ImageJ http://rsb.info.nih.gov/ij/ 顕微鏡/ゲル画像解析ソフト．public domainです． CellProfiler http://www.cellprofiler.org/ 画像解析ソフト．GPLです． 少なくともこの5つは入れたいです． もし余裕があれば，RoRやPlaggerも入れたいところですが， Javaのアプリを入れることを優先したいと思います． そのほか追加しておきたいのは， The Affymetrix Power Tools (APT) software package http://www.affymetrix.com/support/developer/powertools/index.affx マイクロアレイの解析ツール．新型のアレイ (Exon Array) の解析に対応． GPLです． EBImage http://www.bioconductor.org/packages/bioc/1.8/html/EBImage.html これはBioConductorを最新にすると一緒にはいるかも．確かGPLです． の2つぐらいですね． あと，Live CD 作成ソフトを作っていることをアピールするために CD版やDVD版，VMware版の3つのイメージを作るのはありだと思います． 同時に新たに収録されたソフトを増やし，手軽にいろいろなイメージが 作れることがアピールできると思います．このあたりは報告書なりを 書くときにはアピールポイントになるのでは? > 目新しいところが無くてアレですが Ver.2.0.5 くらいなスタンスで > いかがでしょうか? ベースとしているKnoppixのバージョンがあがるときに，KNOB も メジャー バージョンを上げることにしているので，KNOB 3.0 で良いと思います． 2番目のバージョンナンバーが，KNOBとしてメジャーな変更があった場合 に数字を増やします．ソフトの入れわすれやバグフィックスなどでは， 最後の数字を上げるという感じで考えています．よって今回は， KNOB 3.0.0 でよいですよ． # Knoppix にあわせて KNOB 5.0.0 としてもよいですが． といろいろ書きましたが，スケジュールと合せて現実的なラインを考え ましょうか． > ＃GIW/オープンバイオ研究会はいらっしゃいますか? 残念ながら今回はいけそうもありません．3月の北陸でおこなう open-bioには行ければいいな，とは思っています． -- Itoshi NIKAIDO, Ph.D. FF20 8296 ED6F D9E5 7D05 8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2